La segunda temporada consta de 22 episodios y es continuación directa del final de la primera temporada. Comienza ocho horas después de la fuga de prisión y se centra principalmente en la supervivencia de los fugitivos. Un nuevo personaje importante se introduce esta temporada: el agente del FBI Alexander Mahone, a quien se le asigna el trabajo de capturar a los ocho de Fox River. Los fugitivos recorren todo el país para no ser encontrados por la policía. Cada uno tiene sus metas individuales, sin embargo, varios coinciden en Utah, donde hay 5 millones de dólares enterrados (Dinero que Charles Westmoreland o "D.B. Cooper", enterró antes de ser capturado). El argumento secundario de esta temporada es el interés de La Compañía por localizar y eliminar a Lincoln Burrows y a los demás fugitivos.



La segunda temporada comenzó a rodarse en junio de 2006 en Dallas, Texas, debido a la próximidad de las zonas rurales y urbanas. Los últimos dos episodios de esta temporada fueron grabados en Pensacola, Florida, para representar las calles de la Ciudad de Panamá. Cada episodio duró 8 días de grabación y tuvieron un coste de aproximadamente 1.4 millones de dólares por capítulo